HPC 정보 공유의 창

moasys.egloos.com

포토로그

siesta-4.1-b2

[설치 방법]
$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ tar xvzf siesta-4.1-b2.tar.gz 
$ cd siesta-4.1-b2/Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ cp DOCUMENTED-TEMPLATE.make arch.make 
$ vi arch.make 
##### edit the arch.make file #####
CC = icc
FPP = $(FC) -E -P 
FC_SERIAL = ifort
FFLAGS = -O2 -fPIC -shared-intel
LAPACK_LIBS = -mkl=sequential
BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
NETCDF_LIBS = /applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a
MPI_INTERFACE = libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE = .
LIBS = $(NETCDF_LIBS) $(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(MPI_LIBS) $(COMP_LIBS)
FPPFLAGS = -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
#################################################
$ make
태그 : , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

KISTI Tachyon2 시스템에서 OpenBLAS-0.2.19 빌드 하기 Linux HPC

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3

$ module load compiler/intel-2015 mpi/openmpi-1.8.5
$ tar xvzf OpenBLAS-0.2.19.tar.gz 
$ cd OpenBLAS-0.2.19
$ make BINARY=64 TARGET=NEHALEM
$ make install PREFIX=$HOME/OPENBLAS/0.2.19
태그 : , , , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

KISTI Tachyon2 시스템에서 NAMD 2.8 빌드 하기 Linux HPC

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3
 
$ module load compiler/intel-2015  mpi/mvapich2-2.1 applic/fftw-2.1.5-single
$ tar xvf NAMD_2.8_Source.tar 
$ cd NAMD_2.8_Source
$ tar xvf charm-6.3.2.tar
$ cd charm-6.3.2
$ ./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --no-build-shared --with-production
$ cd ..
$ vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
#############################
[변경 전]
CXXOPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -i-static -O2 $(FLOATOPTS)
[변경 후]
CXXOPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
COPTS = -static-intel -O2 $(FLOATOPTS)
#############################
  
$ vi arch/Linux-x86_64.fftw 
#############################
[변경 전]
FFTDIR=/Projects/namd2/fftw/linux-x86_64
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lsrfftw -lsfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW
 
[변경 후]
FFTDIR=/applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
FFTLIB=-L$(FFTDIR)/lib -lrfftw -lfftw
FFTFLAGS=-DNAMD_FFTW -DNAMD_FFTW_NO_TYPE_PREFIX
#############################
 
$ vi arch/Linux-x86_64.tcl
#############################
[변경 전]
TCLDIR=/Projects/namd2/tcl/linux-x86_64
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.3 -ldl
 
[변경 후]
TCLDIR=/applic/common/TCL/8.5.9
TCLLIB=-L$(TCLDIR)/lib -ltcl8.5 -ldl
#############################
 
$ ./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.3.2 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-fftw --fftw-prefix /applic/compilers/intel/2015/mpi/mvapich2/2.1/applib2/FFTW2/2.1.5/single
 
$ cd Linux-x86_64-icc
$ make
태그 : , , , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

Tachyon2 시스템에 NAMD 2.12 설치 테스트 Linux HPC

1. intel-2015 컴파일러 mvapich2-2.1 조합

module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2015/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make

2. intel-2013 컴파일러 mvapich2-2.0 조합

module load compiler/intel-2013 mpi/mvapich2-2.0
tar xvzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
cd NAMD_2.12_Source
tar xvf charm-6.7.1.tar 
cd charm-6.7.1
./build charm++ mpi-linux-x86_64 mpicxx ifort --with-production
cd ..
vi arch/Linux-x86_64-icc.arch
###########################
 - 변경 전 : FLOATOPTS = -ip -axAVX
 - 변경 후 : FLOATOPTS = -ip
###########################
./config Linux-x86_64-icc --charm-base ./charm-6.7.1 \
--charm-arch mpi-linux-x86_64-ifort-mpicxx \
--with-tcl --tcl-prefix /applic/common/TCL/8.5.9 \
--with-mkl --mkl-prefix /applic/compilers/intel/2013/mkl 
cd Linux-x86_64-icc
make
태그 : , , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

PLSI cheetah 시스템에 RASPA-2.0 설치 테스트 Cluster 관리용

[시스템정보]
OS : CentOS 5.3

[RASPA-2.0 환경 설정 및 설치]
$ mkdir -p m4
$ aclocal
$ autoreconf -i
$ automake --add-missing
$ autoconf
$ module load intel/intel-xe2013 intel/mkl-xe2013 
$ module load fftw/3.3.3/intel-xe2013/double
$ ./configure --prefix=/pwork01/p613lsy/cheetah/RASPA/2.0 \
 CC=icc CXX=icpc F77=ifort \
 CPPFLAGS="-I/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/include" \
 LDFLAGS="-L/opt/fftw/3.3.3/intel-xe2013/double/lib" \
 LIBS="-lfftw3 -mkl=sequential"
$ make
$ make install

LAPACK 과 FFTW 가 포함되었는지 확인하는 방법은 아래와 같이 확인 가능 하다.

$ nm libraspa2.so | grep fftw
U fftw_execute
U fftw_malloc
U fftw_plan_dft_1d

$ nm libraspa2.so | grep dsyev
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep dsyevd
U dsyevd_
$ nm libraspa2.so | grep zgetri
U zgetri_
$ nm libraspa2.so | grep zgetrf
U zgetrf_
태그 : , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

intel-2013 컴파일러로 fftw-2.1.5 설치 하는 경우 openmp 오류 관련 Cluster 관리용

intel-2013 컴파일러 환경에서 fftw-2.1.5 버전 openmp 옵션을 활성화 해서 설치 하는 경우 

[오류내용]
checking how to enable OpenMP... unknown
configure: error: don't know how to enable OpenMP

[해결방법]
configure 파일 12433라인을 아래와 같이 수정
 
변경 전 : CFLAGS="$save_CFLAGS -mp"
변경 후 : CFLAGS="$save_CFLAGS -openmp"
 
태그 : , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

[타키온2] siesta-4.0 설치 테스트 intel-2015, mvapich2-2.1 Cluster 관리용

siesta-4.0 tachyon2 설치 테스트

$ module load compiler/intel-2015 mpi/mvapich2-2.1
$ cd siesta-4.0
$ cd Obj
$ sh ../Src/obj_setup.sh
$ ../Src/configure --enable-mpi
$ vi arch.make

BLAS_LIBS=-mkl-sequential
LAPACK_LIBS=-mkl=sequential

BLACS_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a
SCALAPACK_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a
#COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=/applic/compilers/intel/2015/applib1/NETCDF4/4.1.3/lib/libnetcdff.a

$ make

태그 : , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

PLSI galaxy 시스템 fftw-3.3.4 설치 테스트 Cluster 관리용

[시스템 정보]
OS : CentOS 6.4

[환경 설정]
$ module load compilers/intel-13.1.117  mpi/intel/openmpi-1.8.8

[FFTW3 double]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/double  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared
$ make
$ make install

[FFTW3 single]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/3.3.4/single  \
--enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-shared --enable-float
$ make
$ make install
태그 : , , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

PLSI galaxy 시스템 fftw-2.1.5 설치 테스트 Cluster 관리용


[시스템 정보]
OS : CentOS 6.4

[환경 설정]
$ module load compilers/intel-13.1.117  mpi/intel/openmpi-1.8.8

[FFTW2 double]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/2.1.5/double \
--enable-shared=yes --enable-threads --enable-mpi 
$ make
$ make install
 
[FFTW2 single]
$ export CXX=mpicxx
$ export CC=mpicc
$ export F77=mpif90
$ export FC=mpif90
$ export F90=mpif90
$ export CFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=$HOME/galaxy/FFTW/2.1.5/single \
--enable-shared=yes --enable-threads --enable-mpi --enable-float
$ make
$ make install
 
태그 : , , , , , ,
트랙백(0)덧글(0)

이 앱은 사용자 보호를 위해 차단되었습니다 해결 방법 WindowsOS일반


이 앱은 사용자 보호를 위해 차단되었습니다 해결 방법


작업 방법 1. administrator(관리자 권한) 변경

  1. Windows 로고 키 + x 키 를 누른 후 명령 프롬프트(관리자)을 선택합니다.
  2. 명령 프롬프트에서 아래의 명령을 입력 후 enter 키를 누룹니다.(입력이 어려울 경우 복사 후 명령 프롬프트에서 마우스 우측 키를 누르고 붙여넣기 합니다.)
  3. net user administrator /active:yes
  4. Windows 로고 키 + x 누른 후 종료 또는 로그 아웃에서 로그 아웃을 선택합니다.
  5. 왼쪽 아래에 administrator 계정이 생성된 것이 보입니다. administrator 계정을 선택 후 로그인 합니다.(처음 시작시 시간이 다소 소요됌)
  6. 문제가 되는 프로그램 설치합니다
  7. administrator 계정에서 로그 아웃합니다.
  8. 처음 표준 계정을 선택 후 로그인합니다.
  9. Windows 로고 키 + x 키 를 누른 후 명령 프롬프트(관리자)을 선택합니다.
  10. 명령 프롬프트에서 아래의 명령을 입력 후 enter 키를 누룹니다.(입력이 어려울 경우 복사 후 명령 프롬프트에서 마우스 우측 키를 누르고 붙여넣기 합니다.)
  11. net user administrator /active:no
  12. administrator 계정이 해제됩니다.
태그 : ,
트랙백(0)덧글(0)
1 2 3 4 5

프로필

HPC 의 한글 자료 공유용by 천연사이다

카테고리

메뉴릿

최근 트랙백

RSS

RSS

애드센스

moasys.egloos.com is powered by Egloos. Subscribe to RSS Skin design by egloos.